Ngày 31/10/1998, Ủy ban nhân dân tỉnh Nghệ An có quyết định 4131/QĐ-UB sát nhập Trường Trung học Kinh tế với Trường Trung học Nông lâm Nghệ An thành Trường Trung học Kinh tế Kỹ thuật Nghệ An, cũng từ đó Tổ bộ môn cơ sở cơ bản được thành lập do Đ/c Nguyễn Thanh Nam làm tổ trưởng, Đ/c Nguyễn Thị Ngọc Dung là tổ phó.
Ngày 31/1/2005, Trường được nâng cấp lên Trường Cao đẳng Kinh tế - Kỹ thuật Nghệ An. Ngày 29/6/2005, Khoa cơ sở - cơ bản được thành lập theo quyết định số 320/QĐ-HT của Hiệu trưởng Trường Cao Đẳng Kinh tế - Kỹ thuật Nghệ An. Khoa gồm 4 tổ bộ môn: Tổ bộ môn Tin học, tổ bộ môn Anh văn, tổ bộ môn GD Thể chất – GD Quốc phòng, tổ bộ môn Văn hóa – Luật VB (sau được tách thành tổ bộ môn Văn hóa và Tổ bộ môn Khoa học cơ sở).
Ngày 27/01/2014, Thủ tướng Chính phủ đã có quyết định thành lập Trường Đại học Kinh tế Nghệ An, trên cơ sở nâng cấp trường Cao đẳng kinh tế Nghệ An. Để phù hợp với cơ cấu và chức năng quản lý, ngày 13/4/2015 Khoa cơ sở - cơ bản được đổi tên thành Khoa Cơ sở theo quyết định số 130/QĐ-ĐHKT của Hiệu trưởng Trường ĐH Kinh tế Nghệ An; Khoa gồm có 5 tổ bộ môn: Tổ bộ môn Ngoại Ngữ, tổ bộ môn Khoa học xã hội, tổ bộ môn Khoa học tự nhiên, tổ bộ môn Tin học, tổ bộ môn GD Thể chất – GD Quốc phòng AN.
