Ngày 31/10/1998, Ủy ban nhân dân tỉnh Nghệ An có quyết định 4131/QĐ-UB sát nhập Trường Trung học Kinh tế với Trường Trung học Nông lâm Nghệ An thành Trường Trung học Kinh tế Kỹ thuật Nghệ An, cũng từ đó Tổ bộ môn cơ sở cơ bản được thành lập do Đ/c Nguyễn Thanh Nam làm tổ trưởng, Đ/c Nguyễn Thị Ngọc Dung là tổ phó.
Ngày 31/1/2005, Trường được nâng cấp lên Trường Cao đẳng Kinh tế - Kỹ thuật Nghệ An. Ngày 29/6/2005, Khoa cơ sở - cơ bản được thành lập theo quyết định số 320/QĐ-HT của Hiệu trưởng Trường Cao Đẳng Kinh tế - Kỹ thuật Nghệ An. Khoa gồm 4 tổ bộ môn: Tổ bộ môn Tin học, tổ bộ môn Anh văn, tổ bộ môn GD Thể chất – GD Quốc phòng, tổ bộ môn Văn hóa – Luật VB (sau được tách thành tổ bộ môn Văn hóa và Tổ bộ môn Khoa học cơ sở).
Ngày 27/01/2014, Thủ tướng Chính phủ đã có quyết định thành lập Trường Đại học Kinh tế Nghệ An, trên cơ sở nâng cấp trường Cao đẳng kinh tế Nghệ An. Để phù hợp với cơ cấu và chức năng quản lý, ngày 13/4/2015 Khoa cơ sở - cơ bản được đổi tên thành Khoa Cơ sở theo quyết định số 130/QĐ-ĐHKT của Hiệu trưởng Trường ĐH Kinh tế Nghệ An; Khoa gồm có 5 tổ bộ môn: Tổ bộ môn Ngoại Ngữ, tổ bộ môn Khoa học xã hội, tổ bộ môn Khoa học tự nhiên, tổ bộ môn Tin học, tổ bộ môn GD Thể chất – GD Quốc phòng AN.
Ngày 26/12/2024, Thủ tướng Chính phủ ra Quyết định số 1653/QĐ-TTg về việc sáp nhập Trường Cao đẳng Sư phạm Nghệ An vào Trường Đại học Kinh tế Nghệ An và đổi tên Trường Đại học Kinh tế Nghệ An thành Trường Đại học Nghệ An. Căn cứ Tờ trình số 116/TTr-ĐHNA ngày 14 tháng 5 năm 2025 của Hiệu trưởng trường Đại học Nghệ An về việc công tác cán bộ, cơ cấu tổ chức, ngày 19. tháng 5 năm 2025, Hội đồng Trường Trường Đại học Nghệ An đã thông qua Nghị quyết Số 09 /NQ-HĐTĐHNA về việc phê duyệt cơ cấu tổ chức, số lượng viên chức quản lý và thành lập các khoa, phòng, trung tâm, trường Thực hành sư phạm trực thuộc Trường Đại học Nghệ An thành lập Khoa Khoa học cơ bản trên cơ sở sáp nhập và tổ chức lại Khoa Khoa học cơ bản trường Đại học Kinh tế Nghệ An, Khoa Lý luận Chính trị - Tâm lý Giáo dục, Khoa GDTC-NT Trường CĐSP Nghệ An. Hiện Khoa gồm có 4 tổ bộ môn: Bộ môn Nguyên lý và Lịch sử các học thuyết kinh tế, bộ môn Tư tưởng Hồ Chí Minh - Pháp luật, bộ môn Giáo dục thể chất - Giáo dục quốc phòng An ninh và bộ môn Mỹ thuật - Âm nhạc